Бортнянский согласился на напечатание своих сочинений лишь незадолго до своей смерти, поручив издание их протоиерею Турчанинову. Рассказывают, что, чувствуя приближение смерти, он потребовал к себе хор певчих и заставил их петь свой концерт, наиболее им любимый, "Вскую прискорбна еси, душе моя" и под эти печальные звуки скончался. Бортнянский написал 35 концертов четырехголосных и 10 двуххорных, большею частью на псалмы Давида, трехголосную литургию, восемь трио, из коих 4 "Да исправится", 7 четырехголосных херувимских и одну двуххорную, 4 "Тебе Бога хвалим" четырехголосных и 10 двуххорных, 4 гимна, из которых наиболее известен "Коль славен наш Господь в Сионе", 12 переложений древних напевов и множество других песнопений четырехголосных и двуххорных, в общей сложности до 118 №№. Полное собрание сочинений Бортнянского издано Придворной певческой капеллой, а также П. Юргенсоном в Москве, под редакцией П. И. Чайковского. О том, какое впечатление сочинения Бортнянского производили на современников, лучше всего свидетельствует отзыв о них Ф. П. Львова, непосредственного преемника Бортнянского по управлению капеллою: "Все музыкальные сочинения Бортнянского весьма близко изображают слова и дух молитвы; при изображении молитвенных слов на языке гармонии, Бортнянский избегает таких сочетаний аккордов, которые, кроме разнообразной звучности, ничего не изображают, а употребляются лишь для показания тщетной учености сочинителя: ни одной строгой фуги не допускает он в своих переложениях священных песнопений, и, следовательно, нигде не развлекает молящегося немыми звуками, и не предпочитает бездушное наслаждение звуками наслаждению сердца, внимающего пению говорящему. Бортнянский сливает хор в одно господствующее чувство, в одну господствующую мысль, и хотя передает то одним голосом, то другим, но заключает обыкновенно песнь свою общим единодушием в молитве". Произведения Бортнянского, отличаясь по складу общеевропейским характером, нашли себе благоприятную оценку и на Западе. Так Берлиоз, исполнивший с большим успехом в Париже одно из сочинений Бортнянского, писал о нашем композиторе следующее: "Все произведения Бортнянского проникнуты истинным религиозным чувством, нередко даже некоторым мистицизмом, который заставляет слушателя впадать в глубоко восторженное состояние; кроме того, у Бортнянского редкая опытность в группировке вокальных масс, громадное понимание оттенков, звучность гармонии, и, что удивительно, невероятная свобода расположения партий, презрение к правилам, установленным как его предшественниками, так и современниками, в особенности итальянцами, которых он считается учеником". Впрочем преемники Бортнянского уже не были вполне удовлетворены его музыкой, особенно его переложениями древних напевов. Так А. Ф. Львов в своем сочинении "О свободном или несимметричном ритме" (СПб., 1858) упрекает Бортнянского в нарушении свойственных древнему русскому церковному пению законов просодии, и в искажении, ради требований современного симметричного ритма и современной гармонии, естественного ударения слов и даже мелодии. М. И. Глинка находил произведения Бортнянского слишком слащавыми и дал ему шутливое прозвище "Сахар Медович Патокин". Но при всех несомненных недостатках Бортнянского не следует забывать и о громадных заслугах его в деле упорядочения и улучшения нашего церковного пения. Он сделал первые решительные шаги к освобождению его от иностранного светского влияния, внеся в него истинное религиозное чувство и простоту, и первый возбудил вопрос о восстановлении пения в истинно церковном и истинно народном духе. Из его произведений наибольшее значение для нас имеют в настоящее время концерты, именно потому, что они, не входя в круг обязательных церковных песнопений, допускают большую свободу стиля, и их общеевропейский характер является здесь более уместным, чем в других песнопениях, предназначенных непосредственно для богослужения. Лучшими из них считаются: "Гласом моим ко Господу", "Скажи ми Господи кончину мою" (по мнению П. И. Чайковского лучший из всех), "Вскую прискорбна еси душе моя", "Да воскреснет Бог", "Коль возлюбленна селения Твоя, Господи!" и др.